Trong suốt thời gian trị vì của Tiết Mẫn Đế, các thành viên của gia tộc Nhĩ Chu kiểm soát phần lớn chính quyền trung ương cũng như tại các châu và trong quân sự, trong đó Nhĩ Chu Thế Long kiểm soát triều đình trung ương, Nhĩ Chu Triệu kiểm soát các châu miền bắc, Nhĩ Chu Thiên Quang kiểm soát các châu phía tây, và Nhĩ Chu Trọng Viễn (爾朱仲遠) kiểm soát các châu phía đông nam. Mặc dù vậy, Tiết Mẫn Đế đã cố gắng để tạo ảnh hưởng của mình trong các chính sách bằng các phương pháp tế nhị, và vài lần ông đã từ chối làm theo mong muốn của Nhĩ Chu Thế Long. Giả dụ, khi Nhĩ Chu Thế Long lệnh cho quan Hình Tử Tài (邢子才) viết chiếu chỉ đại xá cho Tiết Mẫn Đế, trong đó mô tả cái chết của Nhĩ Chu Vinh là một hành động vô cùng sai trái của Hiếu Trang Đế, Tiết Mẫn Đế đã từ chối ban hành chiếu chỉ đã viết song thay vào đó lại tự mình viết một chiếu chỉ ngắn gọn, sử dụng ngôn từ khiêm nhường và không đi vào chi tiết. Ông cũng loại bỏ chữ hoàng (皇) khỏi tước hiệu, biến hoàng đế (皇帝) thành đế (帝). Ông đối xử một cách tôn trọng với Nguyên Diệp, lập ông ta làm Đông Hải vương. Trong một hành động chưa có tiền lệ, ông đã ra lệnh rằng kình địch nhà Lương sẽ không còn bị gọi là "ngụy" Lương. (Theo truyền thống trong lịch sử Trung Quốc, các nước kình địch thường gọi đối thủ của mình là "ngụy") Ông truy tôn cha Nguyên Vũ là hoàng đế, song chỉ truy tôn Vương thị là Thái phi, có lẽ để thể hiện sự tôn kính với chính thất của Nguyên Vũ là Trịnh Vương phi. Ông cũng phong cho em trai Nguyên Vĩnh Nghiệp là Cao Mật vương và lập con trai Nguyên Thứ (元恕) của hoàng đệ là Bột Hải vương.

Tuy nhiên, gia tộc Nhĩ Chu lại tham nhũng và rất bạo lực, Tiết Mẫn Đế không thể kiềm chế họ. Kết quả là các tướng Lưu Linh Trợ (劉靈助) và Cao Hoan đã nổi loạn. Mặc dù quân triều đình đã đánh bại Lưu một cách dễ dàng, song Cao Hoan đã thu hút được nhiều tướng bất mãn khác phục vụ cho mình và tỏ ra là một đối thủ ghê gớm. Cao Hoan ban đầu thừa nhận vị trí hoàng đế của Tiết Mẫn Đế song đã sớm lập một họ hàng xa của hoàng tộc Bắc Ngụy là Nguyên Lãng làm hoàng đế. Vào cuối năm 531, Cao Hoan đã tung tin đồn khiến cho gia tộc Nhĩ Chu mâu thuẫn nội bộ, sau đó Cao Hoan đánh bại Nhĩ Chu Triệu và chiếm được một thành quan trọng là Nghiệp Thành.

Đến mùa xuân năm 532, Nhĩ Chu Thế Long muốn chấm dứt các bất đồng trong nội bộ gia tộc Nhĩ Chu nên đã yêu cầu Tiết Mẫn Đế kết hôn với con gái của Nhĩ Chu Triệu làm hoàng hậu. Ngay sau đó, quân Nhĩ Chu do Nhĩ Chu Triệu, Nhĩ Chu Thiên Quang, Nhĩ Chu Trọng viễn và em trai Nhĩ Chu Thế Long là Nhĩ Chu Độ Luật (爾朱度律) chỉ huy, đã hội quân tại Nghiệp Thành để giao chiến với Cao Hoan, song Cao Hoan đã đánh bại được quân Nhĩ Chu mặc dù có quân số ít hơn. Nhĩ Chu Triệu và Nhĩ Chu Trọng Viễn chạy về đại bản doanh của họ, trong khi Nhĩ Chu Thiên Quang và Nhĩ Chu Độ Luật chạy về Lạc Dương. Lúc này, tướng Hộc Tư Xuân (斛斯椿) đã nổi dậy chống lại gia tộc Nhĩ Chu tại Lạc Dương, ông ta đã giết chết Nhĩ Chu Thế Long và Nhĩ Chu Ngạn Bá, trong khi bắt giữ và giải Nhĩ Chu Thiên Quang và Nhĩ Chu Độ Luật đến chỗ Cao Hoan, Cao Hoan xử tử hai người này.